DNAシーケンシングの再構築における合理化アプローチ

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シンガポールのゲノム研究所(GIS)の研究者が、初となる生物のDNA配列を再構築する計算ツールを開発した。このツールの信頼性については保証されており、これによってゲノム配列の再構築と研究を合理化することが可能になる。2011年11月10日付けのComputational Biology誌に記載された今回の研究は、GIS計算数理生物学のアシスタント・ディレクターであるニランジャン・ナガラジャン博士が率いている。   生命（同様に、植物や動物）のゲノム研究は、計算ツールに基づき、ゲノム生物のDNA配列をつなぎ合わせるゲノムアセンブリとよばれるプロセスを行う。これは、ジグゾーパズルまたはバラバラになったページの文字を合わせていくようなものだ。この課題の規模の大きさのために、既存のゲノムアセンブリは結果オーライ的なアプローチに依存しており、しばしばゲノムの不正再構築につながる。今回発表された研究のゲノムアセンブリには、初めてアルゴリズムが使用され、大規模なデータでも品質を保証した。このアルゴリズム法を改善し具体化したOpera（オペラ）と呼ばれるフリーソフトは、http://sourceforge.net/projects/operasf/から入手可能である。 GISで使用されたのもこのオペラであり、大きな植物や動物のゲノムを組み立てるのに成功している。組み立てられたゲノムは、下流の生物学的調査の基盤を形成し、後の研究のための重要なリソースとなる。例えば、数十億ドルかけて得られたヒトゲノムのドラフトは、生物医学研究のための基本的なリソースとして利用されているが、いまだに改良が続けられている。このように、改良されたアセンブリのツールはデータから得られる最も完全かつ正確なゲノムのドラフトを生成することが出来る。ドラフトのアセンブリを改良し、修正するために必要な骨の折れるような努力

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