この他にも有機反応を使った糖鎖合成法がある。この方法の場合、基質となる物質は単糖であり、糖鎖合成酵素を使った方法と異なり、原料が高コストとなることは無い。また、gオーダーで合成も可能である。特に日本では糖鎖の有機合成研究の歴史が長く、いろいろな方法が開発され、現在も世界のトップを走っている。しかしながら、糖には結合に関与する水酸基（グルコースの場合5カ所）が複数存在し、目的の結合位置（1-2,1-3,1-4,1-6結合）に、目的の結合様式（α、β）でつなごうとした場合、結合させる部分以外の水酸基をある種の保護基で「ブロック」した上で、結合する部分を「活性化」し、縮合させることで、はじめて1段階目の反応が終わる。
10糖を合成する場合はこれを10回繰り返さなければないため、非常に高い技術と相当の労力（工程）が必要となる。 最初に目的糖鎖の合成方法を決定してから作業を行うので、酵素を利用する場合と異なり、構造のバリエーションを簡単に作ることができない（合成した糖鎖に後付けで新たな糖を付加することがむずかしい）。また、クロロホルムなどの有機溶媒を大量に利用するため環境的な問題も発生しやすい。
