解析プラットホーム　FFPE組織試料からのプロテオゲノミックス

スペクトラルカウント解析によるノンラベル定量解析

データ解析に関して、スペクトラルカウント解析によるノンラベル比較定量(下記論文(1)-(4)参照)をオプシ ョンで承っております。スペクトラルカウントは取得した LC/MS/MS のデータをそのまま使用して半定量解析を 行う手法であり、改めて測定を行う必要がありません。スペクトラルカウントは群間比較による比較定量を行う ので、論文化などオフィシャルに確度の高いデータを取得するためには最小単位として 2 群(1 群あたり 3 サン プル)の合計 6 サンプルが必要となります。ただし目的に応じて、例としてサンプル 1 対 1 の比較の検討などの 調整は可能ですのでお気軽にご相談下さい。 (スペクトラルカウント参考文献)

サンプル前処理条件検討

バイオシス・テクノロジーズ社の技術者が、お客様ご提出の FFEP 組織サンプルスライドから LMD によってサ ンプル回収を行い。前処理を経て LC/MS 解析を実施致します。すでにお客様にてサンプル前処理を実施いただい ている場合はそのまま LC/MS にて解析をスタート致します。解析期間は分析サンプル数や測定対象内容によって 異なりますのでお問合せ下さい。

LC/MS 試験測定ならびに本測定

サンプル前処理が完了しますと、LC/MS 測定条件最適化を実施します。すべての測定条件が整いましたら、対 象サンプルの測定を実施します。まずはご用意いただいたサンプルの試験測定を行い最終的な測定条件の最適化 を実施します。その後、実サンプルの本測定を行います。

データ解析

LC/MSによって取得した生データはMASCOTTM Softwareによるデータ解析を行います。 さらにご要望に応じてノンラベル定量解析(スペクトラルカウント解析)によるデータ解析を行うことも可能です(有償)。 ノンラベル 定量解析(スペクトラルカウント解析)をご希望の場合はサンプル群間の比較解析を行いますので、最小単位として2群、サンプルは群ごとに3サンプル、合計6サンプルが必要になります。 ただし目的に応じて、例としてサンプル1対1の比較をご希望などの調整は可能ですのでお気軽にご相談下さい。 さらに弊社独自のネットワーク解析はオプションで可能です。下記論文を参考の上お問い合わせください。

Protein co-expression networks identified from HOT lesions of ER+HER2-Ki-67high luminal breast carcinomas. Yamada K, Nishimura T, Wakiya M, Satoh E, Fukuda T, Amaya K, Bando Y, Hirano H, Ishikawa T. Sci Rep. 2021 Jan 18;11(1):1705.

A proteogenomic profile of early lung adenocarcinomas by protein co-expression network and genomic alteration analysis. Nishimura T, Nakamura H, Tan KT, Zhuo DW, Fujii K, Koizumi H, Naruki S, Takagi M, Furuya N, Kato Y, Chen SJ, Kato H, Saji H.
Sci Rep. 2020 Aug 12;10(1)

Disease-related cellular protein networks differentially affected under different EGFR mutations in lung adenocarcinoma. Nishimura T, Nakamura H, Yachie A, Hase T, Fujii K, Koizumi H, Naruki S, Takagi M, Matsuoka Y, Furuya N, Kato H, Saji H. Sci Rep. 2020 Jul 2;10(1)