パンデミックを引き起こした新型コロナウイルスは、一体いつ、どこから来たのでしょうか？この問いは、世界中の科学者が追い続けてきた大きな謎です。多くの人は、ウイルスがコウモリの中で何十年もかけてゆっくりと進化し、やがて人間に感染する能力を獲得したと考えていました。しかし、その常識を根底から覆す、驚くべき研究結果が発表されました。犯人は、遠い昔から潜んでいた古株ではなく、実はアウトブレイクの直前に現れた「新顔」だったのかもしれないのです。最新のゲノム解析技術を駆使したこの研究は、ウイルスの出現からパンデミックに至るまでのタイムラインを書き換え、未来の脅威に備えるための重要な手がかりを私たちに示しています。
以下は、2025年5月7日に学術誌『Cell』に掲載されたオープンアクセス論文に関するニュースの日本語リライトです。
2025年5月7日に学術誌『Cell』で発表された画期的なオープンアクセスの研究は、重症急性呼吸器症候群コロナウイルスとSARS-CoV-2が、どのようにしてコウモリの集団から出現し、ヒト社会へ侵入したかについて、これまでで最も明確な進化的タイムラインを提示しました。
この論文は、「「The Recency and Geographical Origins of the Bat Viruses Ancestral to SARS-CoV and SARS-CoV-2（SARS-CoVおよびSARS-CoV-2の祖先であるコウモリウイルスの近接性と地理的起源）」」と題され、エディンバラ大学のジョナサン・E・ペカー博士（Jonathan E. Pekar, PhD）、東京大学のスピロス・リトラス博士（Spyros Lytras, PhD）、そしてルーヴェン・カトリック大学のフィリップ・レメイ博士（Philippe Lemey, PhD）が主導し、複数の国際的な研究機関との大規模な共同研究の成果です。
研究チームは、250以上のサルベコウイルス（sarbecovirus: SARS-CoVとSARS-CoV-2を含むウイルスの亜属）のゲノムに対し、ウイルスの「組換え」を考慮したゲノム解析を実施しました。その結果、ヒトに感染した両SARSウイルスの最も近縁なコウモリの祖先は、それぞれのアウトブレイクが発生するわずか1～6年前にのみ流布していた可能性が高いことを明らかにしました。これは、コロナウイルスの出現と拡散に関する長年の定説に異議を唱える発見です。
SARSウイルスの起源の年表を書き換える
長年、科学者たちはSARSコロナウイルスが、数十年前に分岐した古代のコウモリウイルスから進化したと信じてきました。しかし、その見解は従来の全ゲノム解析に基づいたものでした。この手法は、ゲノムの大きな断片を頻繁に組み換えることで知られるコロナウイルスを扱う際、しばしば誤った結論を導くことがあります。
今回の新しい研究では、より洗練されたアプローチを採用し、非組換え領域に焦点を当てました。NRRとは、ウイルスのゲノム内で安定しており、より正確な進化のシグナルを保持している部分です。研究チームは、このような領域を75箇所（SARS-CoV-1様ウイルスで31箇所、SARS-CoV-2様ウイルスで44箇所）特定し、それぞれを独立した「時間の番人」として利用しました。
これらの領域を、それぞれに合わせて調整された分子時計で分析することにより、研究者たちはヒトSARSウイルスと、それに最も近縁な既知のコウモリウイルスとの分岐時期を再構築しました。その結果、数十年にわたるとされた従来の推定とは対照的に、驚くほど最近に起源があることが明らかになったのです。
雲南から武漢へ：時間との戦いだったウイルスの旅
では、これらの「最近の」祖先ウイルスはどこから来たのでしょうか？系統地理学的モデリングによると、その循環地域はSARS-CoV-1については中国西部（雲南省、四川省、貴州省）、SARS-CoV-2についてはラオス北部と雲南省南部と特定されました。しかし、ヒトでのアウトブレイクはこれらの地域から遠く離れた場所で発生しました。SARS-CoV-1は2002年に広東省で、SARS-CoV-2は2019年に武漢市で出現しましたが、どちらも起源とされる場所から1,000キロメートル以上も離れています。
ウイルスの拡散速度は、その宿主であるコウモリの移動速度を上回っていました。キクガシラコウモリは通常、巣から数キロメートル範囲内でしか採餌せず、長距離を移動することは知られていません。このことから研究チームは、ウイルスがコウモリの集団内だけで自然に移動することは不可能だったと結論付けました。
その代わりに、本研究は中間宿主となった哺乳類の関与を強く示唆しており、それらはおそらく野生動物の取引ルートを介して移動したと考えられます。SARS-CoV-1のような過去のアウトブレイクは、すでに生きた動物を売る市場でハクビシンやタヌキといった種と関連付けられており、そのような環境が再び動物からヒトへの感染（人獣共通感染症のスピルオーバー）の接点となった可能性があります。
ウイルスの経路を解読：非組換え領域はいかにしてタイムラインを再定義したか
組換えという課題に対処するため、研究者たちはウイルスゲノムを組換えが最小限に抑えられたセグメントに分割しました。これらの非組換え領域は、それぞれ領域固有の分子時計で分析され、ウイルスの祖先をたどるモザイク状の地図が作成されました。
このアプローチから、科学者たちはSARS-CoV-1とSARS-CoV-2の両方について、組換え共通祖先を再構築しました。これは、最も近縁で安定した断片から組み立てられたゲノムです。2025年時点で、これらの再構築された祖先ウイルスは、対応するヒトのウイルスと98.7%以上の遺伝的同一性を共有しています。
このレベルの遺伝的類似性は、これまでの研究では達成されておらず、過去4年間における東南アジアでのウイルスサンプリングの増加と、進化上のノイズを考慮した分析戦略の向上によって可能になりました。
本研究から得られた主要な知見
・SARSコロナウイルスの最も近縁なコウモリの祖先は、スピルオーバーの数十年も前ではなく、1～6年前に出現した。
・ウイルスの系統はアウトブレイク発生地から遠く離れた場所で循環しており、人間が介在した移動が示唆される。
・野生動物の取引ルートが、都市環境へのウイルスの侵入を促進した可能性が高い。
・組換えを考慮した解析により、研究者はこれまで以上に高い精度で起源を特定できた。
将来の監視活動への示唆
この研究は単なる過去の振り返りではなく、未来への警告でもあります。ウイルスは適応するのに数十年も必要としません。適切な条件が揃えば、最近進化した動物のウイルスは、迅速かつ予測不可能にヒトへ飛び移ることができるのです。
研究者たちは以下の点を推奨しています。
・監視の焦点をアウトブレイク発生地域から、コウモリが豊富なカルスト地形（karst）や生きた動物を扱う市場などの生態学的ホットスポットへ移すこと。
・部分的な遺伝子断片ではなく、全ゲノムのウイルスシーケンシングに依存すること。
・将来の人獣共通感染症の脅威評価に、組換えを考慮したツールを適用すること。
ベトナム北部、ミャンマー、中国南部奥地など、サンプリングが不十分な地域でのコウモリや野生動物のサンプリングを拡大すること。
認められた研究の限界
本研究はその強力な分析にもかかわらず、いくつかの限界点も認識しています。
・コウモリからの時間的なデータが不十分であったため、分子時計はヒトおよびハクビシンのSARSゲノムを用いて較正された。
・主要な地域でのサンプリング不足が、ウイルスの祖先や場所に関する結論に偏りを生じさせている可能性がある。
・改良されたフィルタリング手法を用いたにもかかわらず、一部の組換えイベントが検出されなかった可能性がある。
しかし、数十に及ぶNRR間での結果の一貫性や、生態学的データとの整合性から、本研究の結論には強い信頼性が寄せられています。
最後に：忘れ去られるべきではない、その速さ
この研究は、SARSウイルスがどのように出現したかについての私たちの理解を根本的に変えるものです。それらは古くからの脅威ではなく、人間の活動を介して拡散した可能性が高い、動きの速い最近のウイルスでした。私たちが見逃していたのは古いものではなく、新しく、ごく最近に出現し、すでに行動を開始していたものだったのです。
グローバルな相互接続と継続的な野生動物の利用により、次のパンデミックはすでにどこかの洞窟、あるいは檻の中で進化しているかもしれません。この研究は、それを時間内に捉えるための警告と枠組みの両方を提供しています。
