DNAの「たたみ方」をどう比べる?最適なクロマチンコンタクトマップ比較法を解明

DNAの「たたみ方」をどう比べる?最適なクロマチンコンタクトマップ比較法を解明

サイエンス出版部 発行書籍

DNAを、細胞の核という小さな空間の中にくしゃくしゃに丸められた長い糸だと考えてみてください。それは無秩序に固まっているように見えるかもしれませんが、その折り畳まれ方には重要な意味があります。DNA鎖のどの部分が塊の奥深くに埋もれているか、どの部分が自由にアクセスできるか、そしてどの部分が互いに近接しているかは、細胞の他の機能や振る舞いと本質的に結びついています。クロマチンと呼ばれる、固く詰め込まれたDNA構造を比較すること、つまり、それらが時間とともにどう変化し、健康時と疾患時でどう異なり、細胞タイプによってどう違うかを調べることは、生物学、発生学、医学における根源的な問いに光を当てます。 近年、DNAの配置をマッピングする理想的な方法としていくつかの手法が登場し、それぞれが「クロマチンコンタクトマップ」と呼ばれる形式でデータを可視化します。しかし、科学者が一度に何百、何千ものマップを比較することは、困難な統計的問題に取り組む必要があるため、非常に厄介でした。 これまで、個々の研究チームが独自に比較手法を考案することが繰り返され、その結果、しばしば矛盾した結果を生む数十もの異なるアプローチが乱立し、科学者たちは自分の特定の生物学的問題にどれが最適か確信が持てない状況でした。ある手法はDNA構造の微細な変化を特定することに長けている一方、他の手法はより大きな変化を示すことに向いています。 今回、グラッドストーン・データサイエンス・バイオテクノロジー研究所の所長であるケイティ・ポラード博士(Katie Pollard, PhD)と、大学院生のケトリン・ジョニ氏(Ketrin Gjoni)が率いるチームは、25種類のクロマチンコンタクトマップ比較手法を分析し、生物学者やデータアナリストに「いつ、どの手法を使うべきか」という指針を提供することを最終目標としました。彼らの

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Edited by Michael D. O'Neill

Michael D. O'Neill

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