検索アルゴリズムにより、希少なCRISPR系が新たに200種類近く発見される

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微生物の配列データベースには、バイオテクノロジーに適応可能な酵素や他の分子に関する豊富な情報が含まれています。しかし、これらのデータベースは近年非常に大きくなり、興味のある酵素を効率的に検索することが難しくなっています。現在、マサチューセッツ工科大学（MIT）のマクガバン脳研究所、MITとハーバード大学のブロード研究所、および国立衛生研究所（NIH）の国立生物工学情報センター（NCBI）の研究者らは、細菌のゲノムにおける188種類の新しい希少CRISPRシステムを特定した新しい検索アルゴリズムを開発しました。これは、数千に及ぶ個々のシステムを含んでいます。 この研究は、2023年11月23日に「Science」誌に「希少CRISPR-Casシステムの機能的多様性の深層テラスケールクラスタリングによる解明」（Uncovering the Functional Diversity of Rare CRISPR-Cas Systems with Deep Terascale Clustering）というタイトルで発表されました。 このアルゴリズムは、CRISPR研究の先駆者であるフォン・ジャン教授（Feng Zhang）の研究室から来ており、大規模なゲノムデータを迅速に検索するためのビッグデータクラスタリング手法を使用しています。チームは、石炭鉱山、醸造所、南極の湖、犬の唾液で見つかるような珍しい細菌からのデータを含む、3つの主要な公開データベースを採掘するために、Fast Locality-Sensitive Hashing-Based Clustering（FLSHclust）と呼ばれるアルゴリズムを使用しました。研究者らは、DNAに編集を加えることができるCRISPRシステムや、RNAを標的とするもの、その他さまざまな機能を持つものを含む、驚くべき数と多様性のCRISP

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