絶滅危惧センザンコウを救え！最新ゲノム解析が明らかにする遺伝的リスクと保全への道

2月15日の「世界センザンコウの日」に合わせ、これらのセンザンコウ種に関する高品質なゲノムデータを示す新しい研究が発表され、マレーセンザンコウとチュウゴクセンザンコウの遺伝的脆弱性と絶滅リスクに光を当てています。この研究は、国家林業草原局センザンコウ保護研究センターのヤン・フア氏（Yan Hua）のチーム、東北林業大学のティアンミン・ラン教授（Tianming Lan）のチーム、そしてBGI深圳のチーイェ・リー氏（Qiye Li）が参加する中国の科学者たちによる共同研究の成果です。この研究成果は、オープンサイエンスジャーナル『GigaScience』に掲載されました。このオープンアクセス論文のタイトルは「「Enhancing Inbreeding Estimation and Global Conservation Insights Through Chromosome-Level Assemblies of the Chinese and Malayan Pangolin」（チュウゴクセンザンコウとマレーセンザンコウの染色体レベルアセンブリを通じた近交度推定の強化と地球規模での保全に関する洞察）」です。

解析の出発点となったのは、これまで利用可能だったものよりも大幅に解像度の高いチュウゴクセンザンコウとマレーセンザンコウのゲノム配列の生成でした。ほぼギャップレスな染色体スケール配列という形でこのような高品質なデータを持つことは、あらゆる個体群の遺伝的健全性と絶滅リスクの重要な指標となる必須情報を得る上で非常に貴重です。このために実施された解析には、個体群内の個体間にどれだけの遺伝的変異が存在するかを示す遺伝的多様性の推定が含まれていました。変異が大きいほど、将来の世代は遺伝的により健全である可能性があります。同様に、個体群内の近親交配のレベルなどの他のパラメーターも評価でき、時間とともに受け継がれる主要な健康問題が存在する可能性を示します。これらの解析は、選択的繁殖が不可欠であるかどうかなど、最善の救助活動を実施する方法に焦点を当てるのに役立ちます。

中国の科学者たちは、彼らの高品質なデータを参照点として、以前に公開されたチュウゴクセンザンコウ37個体とマレーセンザンコウ72個体からのゲノムデータと共に用い、5つのセンザンコウ個体群の保全遺伝学的状況を再評価しました。その結果、全体的な遺伝的多様性は驚くほど高く、これは個体群の遺伝的健全性にとって肯定的な兆候でした。しかし、彼らの詳細な分析により、これらの個体群の一部は他の個体群よりも絶滅のリスクが高いことが示されました。

具体的には、あるセンザンコウ個体群の遺伝データに基づき、科学者たちは、この個体群が研究対象の他の個体群と比較して、過去1万年以内にはるかに急速かつ急激な個体数減少に見舞われたと確認しました。さらに、彼らの研究における他の遺伝的パラメーターは、特にこの個体群が非常に高い絶滅リスクにあることを示していました。これに加えて、台湾産のセンザンコウ検体の分析でも同様に憂慮すべきデータが明らかになりました。深刻な生存圧力による特定のセンザンコウ個体群の絶滅リスクの程度を確固たるものにするためには、今後の研究が必要です。この研究データはまた、これらの個体群の生息地間の違いに関するさらなる研究が、すでに進行中の遺伝的救助活動を導くのに役立つ可能性があるため、より多くの注目を集めるべきであることを示しています。

ラン教授は次のように述べています。「違法な密猟や密売の管理を支援することに加えて、中国政府はチュウゴクセンザンコウとマレーセンザンコウの両方を保護するための繁殖センターを建設し、人工繁殖・生殖プログラムを開発しました。このデータの助けを借りて、将来的にはこれらの飼育個体を再野生化し、野生に戻すことによって、野生個体群の遺伝的救助戦略をより良く評価することができます。」

GigaScienceについて

GigaScienceは、GigaScience Pressとオックスフォード大学出版局（Oxford University Press）によって共同出版されています。2018年のPROSE賞（イノベーション・イン・ジャーナル・パブリッシング（学際的分野）部門）を受賞したこのジャーナルは、生物科学および生物医学科学の全領域から「ビッグデータ」を使用または生成する研究を対象としています。また、生命科学および医学のあらゆる分野における大規模データの取り扱いの難しさや特有のニーズについて議論するためのフォーラムとしても機能しています。このジャーナルは、原稿出版と完全なデータホスティングおよび解析ツールの統合を組み合わせた、まったく新しい出版形式を採用しています。科学研究の透明性のある報告を奨励し、将来のアクセスと解析を可能にするため、GigaScienceへの原稿投稿の要件として、すべてのサポートデータとソースコードをGigaScienceデータベースであるGigaDB、および公的に利用可能なリポジトリで利用可能にすることが求められています。GigaScienceは、関連するオンラインツールやワークフローへのアクセスをユーザーに提供し、データ分析プラットフォームを統合することで、データの潜在的な有用性と再利用を最大化しています。

GigaScience Pressについて

GigaScience Pressは、BGIのオープンアクセス出版部門であり、科学ジャーナルとデータを発行しています。その出版プロジェクトは、オックスフォード大学出版局やRiver Valley Technologiesなどの国際的な出版パートナーやインフラプロバイダーと共同で実施されています。現在、受賞歴のある2つのデータ中心のジャーナルを発行しています。主要ジャーナルであるGigaScience（2012年創刊）は、2018年のアメリカ出版社PROSE賞（イノベーション・イン・ジャーナル・パブリッシング部門）を受賞し、新しいジャーナルであるGigaByte（2020年創刊）は、2022年のALPSP出版イノベーション賞を受賞しました。また、GigaDB.orgデータベースを通じてデータ、ソフトウェア、その他の研究成果物も公開しています。科学研究の透明性のある報告を奨励し、将来のアクセスと分析を可能にするため、GigaScience Pressのすべてのジャーナルへの原稿投稿の要件として、すべてのサポートデータとソースコードをGigaDBまたはコミュニティが承認した公的に利用可能なリポジトリでオープンに利用可能にすることが求められています。GigaDBチームは3Dデータのキュレーションも行っており、このデータをThingiverseの3Dプリンティングコミュニティで利用可能にしています。

[News release] [GigaScience article]