標的とする抗原が未同定のモノクローナル抗体をもっている研究者から以下のような相談がありました。「がん細胞に高発現している抗原に対するモノクローナル抗体をもっています。がん細胞の全たんぱく質を SDS-PAGE で分離しイムノブロットをおこなうと分子量が60K あたりのバンドが染まります。抗体が結合するバンドを質量分析計などを利用して同定したいと考えています。
具体的にどのような実験をすれば良いか教えて下さい。なお、SDS-PAGE のゲルをクマシーブリリアントブルー染色すると６０K あたりの移動度には幾つものバンドが見えて、どのバンドが抗体で染まっているかは判断が難しいです。また、正常細胞をイムノブロットしたときは、同じ６０K の位置にうっすらと染まるバンドがあります。
いかがでしょうか。細胞の全たんぱく質ですから SDS-PAGE だけで分離することは難しいですよね。SDS-PAGE の前に何か処理をするとか、あるいは SDS-PAGE の６０K 付近をさらに分画するとか、なんでも結構です。アイデアを書き込んでいただくと幸いです。関連した実験操作に関する質問も歓迎します。
