MIT主導の研究チームがSARS-CoV-2ゲノムの包括的マップを作成

COVID-19パンデミックが始まってから数カ月後の2020年初頭、科学者らはCOVID-19感染症の原因ウイルスであるSARS-CoV-2の全ゲノム配列を決定することができた。その時点で、その遺伝子の多くはすでに判明していたが、タンパク質をコードする遺伝子の全容は解明されていなかった。今回、MITの研究者らが広範な比較ゲノム研究を行った結果、SARS-CoV-2のゲノムについて、最も正確で完全な遺伝子アノテーションを作成した。
この研究結果は、2021年5月11日にNature Communications誌のオンライン版に掲載されたが、その中でこの科学者らは、いくつかのタンパク質をコードする遺伝子を確認するとともに、これまで遺伝子として示唆されていたいくつかの遺伝子が、いかなるタンパク質もコードしていないことを発見した。本研究の上席著者であり、マサチューセッツ工科大学コンピュータ科学・人工知能研究所（CSAIL）のコンピュータ科学教授、およびマサチューセッツ工科大学とハーバード大学のブロード研究所のメンバーであるマノリス・ケリス博士は、「我々は、この強力な比較ゲノミクス手法を進化のシグネチャーに用いることで、この非常に重要なゲノムの真の機能的なタンパク質コードを発見できた」と述べている。

また、研究チームは、SARS-CoV-2がヒトに感染し始めてから、異なる分離株で生じた約2,000の変異を分析し、これらの変異が、ウイルスが免疫系を回避したり、感染力を強めたりする能力を変化させる上で、どの程度重要であるかを評価した。このNature Communications誌に掲載されたオープンアクセス論文は、「SARS-CoV-2ゲノムにおけるオーバーラップするORFの矛盾した曖昧な名称。ホモロジーに基づく解決法（Conflicting and Ambiguous Name of Overlapping ORFs in the SARS-CoV-2 Genome: A Homology-Based Resolution）」と題されている。