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ArcherDX FusionPlex

融合遺伝子検出アッセイ

アクセス総数 3,960人

出展企業:バイオストリーム株式会社

次世代シーケンスによる融合遺伝子の検出
ArcherDX FusionPlexのイメージ
ArcherDX FusionPlex

疾患関連融合遺伝子の数は増加の一途を辿り、その同定には次世代シーケンサー(NGS)を用いることが現実的になってきています。しかし、一般的なライブラリ調製法では、偽陰性が生じる、大量のサンプルが必要、新規の融合を容易に検出できない、といった問題があります。

ArcherDX社では、NGS用試薬生産のノウハウに、斬新なターゲット増幅と世界レベルのシーケンス解析の技術を組み合わせ、Archerアッセイ、ワークフロー、解析プログラムを開発しました。

このアッセイは、独自のAnchored Mulitiplex PCR (AMP) を利用してターゲットエンリッチメントを行うことで、がんの発生や進行を司る様々な融合遺伝子やその他の遺伝子再構成を検出するためのライブラリを調製します。

Archer FusionPlexアッセイは、凍結乾燥された試薬を使用する迅速でシンプルなワークフローです。そのため、多量のサンプルを扱うラボにも適しており、またコンタミや作業ミスを大幅に削減することができます。

シーケンスデータはArcher解析パイプラインで処理され、ライブラリの品質情報とともに、包括的で正確な融合、挿入/欠失に関する情報を得ることができます。

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lifescience products

ArcherDX FusionPlexの特徴

正確、かつ包括的に既知および未知の融合遺伝子を検出 融合パートナーを1塩基レベルの解像度で解明 ホルマリン固定パラフィン包埋 (FFPE) 検体にも対応; RNA 20 ngから開始可能 1反応分ずつ凍結乾燥された試薬を使用する簡単なワークフロー 専用解析ソフトウェア(web版、スタンドアロン版)を無償で利用可能 Illumina、Ion Torrentに対応 ALK, RET, ROS1融合遺伝子陽性コントロールFFPEをご用意 肺癌および甲状腺癌の多種多様な変異に対応したComprehensive Thyroid and Lung (CTL) キットを販売開始


Anchored Mulitiplex PCR (AMP)によるターゲットエンリッチメント
mRNAからスタートし、逆転写反応後に、一方を遺伝子特異的プライマー(Gene Specific Primer; GSP)、他方をユニバーサルプライマー(付加したアダプター由来)でネステッドPCRを行うため、既知の融合遺伝子に加え、未知の融合遺伝子の検出が可能



Archer解析ソフトウェアでの解析例
無償のArcher解析ソフトウェア(web版またはスタンドアロン版)にシーケンスデータ(FASTQファイル)をアップロードするだけで、詳細な解析結果を取得
解析結果をPDFファイルで出力することも可能


Quiver: 独自の融合遺伝子データベース
既存のデータベース(COSMIC等)に加え、ArcherDX社が自社で収集した公表済み融合遺伝子データベース
Archer解析ソフトウェアとも連携し、高精度な融合遺伝子検出を強力にサポート
     
     

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Archer FusionPlex ALK, RET, ROS1パネルv2

ALK、RET、ROS1遺伝子に関する融合の同時検出・同定とともに、チロシンキナーゼ阻害剤への耐性に関連している点変異の同定が可能になります。

[アッセイターゲット]
ALK, RET, ROS1

Archer FusionPlex Hemeパネル

造血器腫瘍に関連する20遺伝子の融合を検出・同定します。

[アッセイターゲット]
ABL1, ALK, BCR, CBFB, FGFR1, JAK2, KMT2A (MLL), MECOM (EVI1), MKL1, NOTCH1, NUP214 (CAN), PDGFRA, PDGFRB, PICALM, RARA, RBM15, RUNX1 (AML1), RUNX1T1 (MTG8), TAL1, TCF3 (E2A)

Archer FusionPlex NTRKパネル

神経栄養因子受容体(Neurotrophic tyrosine receptor kinase; NTRK )遺伝子の転座は、腺癌、悪性度の高い神経膠腫、毛様細胞性星細胞腫、白血病などの広範囲の癌種に認められます。
このパネルは、NTRK1, NTRK2およびNTRK3との融合を検出・同定します。

[アッセイターゲット]
NTRK1, NTRK2, NTRK3

Archer FusionPlex FGFRパネル

線維芽細胞増殖因子受容体(Fibroblast growth factor receptor; FGFR )は、膜貫通型チロシンキナーゼで、その融合遺伝子は広範囲の癌に関与しています。
このパネルは、様々ながんに関連しているFGFR1、FGFR2およびFGFR3遺伝子との既知・未知の融合を検出・同定します。

[アッセイターゲット]
FGFR1, FGFR2, FGFR3

Archer FusionPlex Sarcomaパネル

染色体転座は、軟部腫瘍のバイオロジーにおける重要な現象の代表です。転座は、軟部腫瘍の20~30%で報告されており、特定の亜型では30通り以上の特異的な融合遺伝子が確認されています。
このパネル軟部腫瘍に関連する26遺伝子を同時に検出・同定します。

[アッセイターゲット]
ALK, CAMTA1, CCNB3, CIC, EPC1, EWSR1 (EWS), FOXO1 (FKHR), FUS (TLS), GLI1, HMGA2, JAZF1, MEAF6, MKL2, NCOA2, NTRK3, PDGFB, PLAG1, ROS1, SS18 (SYT), STAT6, TAF15 (TAF2N), TCF12, TFE3, TFG, USP6, YWHAE

Archer FusionPlex Solid Tumorパネル

悪性上皮性腫瘍やその他の固形癌に関連する50以上の遺伝子の融合やその他の変異を同時に検出・同定します。

[アッセイターゲット]
AKT3, ALK, ARHGAP26, AXL, BRAF, BRD3/4, EGFR, ERG, ESR1, ETV1/4/5/6, EWSR1 (EWS), FGFR1/2/3, FGR, INSR, MAML2, MAST1/2, MET, MSMB, MUSK, MYB, NOTCH1/2, NRG1, NTRK1/2/3, NUMBL, NUTM1, PDGFRA/B, PIK3CA, PKN1, PPARG, PRKCA/B, RAF1, RELA, RET, ROS1, RSPO2/3, TERT, TFE3, TFEB, THADA, TMPRSS2

Archer FusionPlex Lung Thyroidパネル

非小細胞肺癌 (Non-small cell lung cancer; NSCLC) と甲状腺癌に関連する8遺伝子の融合を同時に検出・同定します。

[アッセイターゲット]
ROS1, FGFR3, MET, ALK, RET, NTRK1, NTRK3, PPARG

Archer FusionPlex Oncology Researchパネル

様々な癌に関連する74遺伝子の融合やその他の変異を同時に検出・同定します。
このパネルは、フィラデルフィア染色体様急性リンパ性白血病 (Philiadelphia chromosome-like acute lymphoblastic leukemia; Ph-like ALL) を含む研究領域で、融合遺伝子発見を促進し、精密医療の範囲を拡大するために設計されました。

[アッセイターゲット]
ABL1/2, AKT1/2/3, ALK, ARHGAP26, AXL, BRAF, BRD3/4, CRLF2, CSF1R, EGFR, EPOR, ERBB2/4, ERG, ESPR1, ESRRA, ETV1/4/5/6, EWSR1 (EWS), FGFR1/2/3, IL2RB, FGR, INSR, JAK1/2/3, KIT, MAML2, MAST1/2, MET, MSMB, MUSK, MYB, MYC, NOTCH, NOTCH1, NRG1, NTRK1/2/3, NUMBL, NUT, PDGFRA/B, PIK3CA, PKN1, PPARG, PRKCA/B, RAF1, PTK2B, RARA, RELA, RET, ROS1, RSPO2/3, SYK, TERT, TFE3, TFEB, THADA, TMPRSS2, TSLP, TYK2

Archer SureShot Fusion Controls

SureShot ALK RET ROS1 Fusion Controls
・ALK、RET、ROS1融合遺伝子を発現している細胞株を混合して作製したFFPEサンプル
・4切片 (5ミクロン切片/チューブ)
SureShot Fusion-negative Controls
・正常細胞株より作製したFFPEサンプル
・FusionPlex Solid Tumorパネルで融合遺伝子が検出されないことを確認済

Archer PreSeq RNA QC Assay

FusionPlexアッセイに使用可能な品質のRNAサンプルかどうかをチェックするためのqPCRアッセイ (16反応/キット)。
本キットはArcher FusionPlexアッセイの各パネルに同梱されていますが、単体での販売も開始しました。



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    製品カテゴリー


    運営会社:バイオアソシエイツ株式会社
      登録ユーザー数
      3011人
      2018年06月20日 現在
      21 人のユーザが現在オンラインです。 (1 人のユーザが 製品ページ を参照しています。)
      登録ユーザ: 0 ゲスト: 21
      アクセスカウンター
      DATEVisits/PVs
      2018/06/20:455/3848
      2018/06/19:594/10224

       

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