自然免疫(natural immunity/innate immunity)は生まれながらに備わっている異物を識別排除するシステムである。液性因子としては、レクチン、補体、抗菌ペプチドなど、細胞性因子としては、マクロファージ、顆粒球、ナチュラルキラー細胞、上皮細胞などが知られている。獲得免疫(acquired immunity/specific immunity)は異物が体内に侵入してから、その異物が有する抗原部位（タンパク質や多糖など）を高度に認識するB細胞では免疫グロブリンが、T細胞ではTCR(T cell receptor: T細胞受容体)が遺伝子組換えの後に産生されて成立する。
液性因子としては、抗体、TCRなど、細胞性因子としては、B細胞、T細胞、樹状細胞などが関与している。さて、自然免疫は、獲得免疫と比べると、進化的に古い機構であり、異物排除に役に立たないものとする風潮が長くあったが、20世紀末から、自然免疫の生体維持における重要性が再認識され初めて来た。
その第一の理由は、自然免疫が獲得免疫の成立に必須であるということが明らかになったことにある。初めて接する異物に対しては、免疫的な記憶が存在しないので、特異免疫は起動出来されない。
一方で、すべての異物に対して認識することが出来る自然免疫が異物を緩やかに排除し、その情報をT細胞やB細胞に渡して、その後に強い特異免疫が確立していくのである。自然免疫は生存に必須な免疫機構なのである。第二に、トル様受容体(Toll like receptor, TLR)の発見である。それまで、異物認識機構が不明であったことにより、自然免疫が認識する異物識別は漠然としたものとされていた。
ところが、1997年にCharles JanewayとRuslan Medzhitovによってリポ多糖(グラム陰性菌の膜成分: lipopolysaccharide, LPS)の受容体としてTLR-4が同定され、その後、自然免疫の異物識別機構が多数明確にされてきたことにより、自然免疫が異物を認識することが分子レベルで確認できるようになった。TLRについては、別な章で詳細を紹介したい。特異免疫の有効利用については、若者も時に重症化する例が見られ、一時はマスクが売り切れるなどのパニックに近い状況になった新型のインフルエンザを思い起こして欲しい。
最も予防に有望視されたワクチンは、感染力がないインフルエンザウイルスを免疫することで体の中に特異免疫を誘導させる。こうして、特異免疫の強い異物排除能を身につけさせることで、ウイルスの侵入を防ぐのである。しかし注意して欲しい。あれほど、政府が慌てて導入した大量のワクチンも、来シーズンになって別のタイプのインフルエンザが猛威をふるうことを防げないのである。それが特異性の高い免疫に依存したワクチンの限界なのである。一方、生まれ備わった（ゲノムに設計図が記述されている）異物識別･排除関連タンパク質により生体は新型インフルエンザも認識出来る。以上を組み合わせて考えるならば、自然免疫が適切に活用され、インフルエンザウイルスに出会っても、効率よく排除されれば感染が成立しない。これだけでも、うまくすれば、特異免疫に情報が渡り、抗体を作る体が出来るだろうし、もしも、次にウイルスと出会う間に、ワクチンが製造されて、それを接種できれば、数週間後には抗体価が上がり、特異免疫で次の攻撃を効率よく排除出来るだろう。このように、自然免疫と獲得免疫は両者が持つ特徴をうまく生かせば、効果的に感染予防などの効果が得られるのである。
