16S rDNA、ITS、D1/D2による微生物同定の受託サービス/新種提唱など論文用データにも対応


細菌の16S rDNAの上流側約500 bpまたはほぼ全長(1,400~1,500 bp)、カビの28S rDNA-D1/D2領域(500~600 bp)またはITS領域(500~600 bp)、酵母の26S rDNA-D1/D2領域(500~600 bp)またはITS領域(500~600 bp)を解析し、種や近縁種を同定します。


主なポイント


  • 事前のDNA抽出などは不要、微生物の純粋培養物を検体として受け入れ可能
  • 検体にコンタミネーションがある場合には当社での純化も可能
  • 同定結果の種名とバイオセーフティレベルを報告
  • 種名が同定できない場合でも、分子系統解析から近縁種の推定が可能
  • 新種提唱論文や特許寄託用のデータとしても実績あり
  • 基準株、基準標本、タイプ由来株の塩基配列データで構成される「微生物同定データベース」で解析
  • 当社微生物同定システム「ENKI®」を使用し、分子系統解析まで実施

技術情報


16S rDNA、ITS、D1/D2による微生物同定の受託サービス

細菌、カビ、酵母の同定サービスです。検体の帰属分類群を属・種レベルで同定します。受託サービスのご利用に際しては、目的とする微生物のコロニーが生育した寒天平板培地をご送付ください。DNA抽出から同定まで一括で承ります。

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新種提唱など分類学的な論文用データにも対応

細菌

細菌の同定では、16S rDNAの上流側約500 bpを解析することで種の同定や近縁種の推定が可能です。また、新種提唱や特許寄託ではより確実に同定するために1,300 bp以上での解析が求められます。

カビ

遺伝子解析によるカビの同定では、これまでrDNAのITS領域および28S rDNAのD1/D2領域を使った解析が行われてきました。近年は種レベルの同定にはITS rDNA領域が基本となっています。

酵母

酵母の同定では、26S rDNAのD1/D2(概ね500~600 bp)領域を使った解析が主流です。酵母では26S rD1/D2領域のデータベースが充実しており、 帰属種・近縁種の同定に有効です。

受託サービス利用の有用性

分類学的な研究では、研究者自身が国際塩基配列データベースから適切なデータを選択するために分類学的研究を鑑みた調査が必要であり、手間と時間を要します。当社では、文献や配列情報などを調査し、最新の分類体系を反映した結果をお届けします。

また、新種提唱などの論文投稿では分子系統解析が必須となることがあります。当社では、近隣結合法のような距離行列による手法に加え、最節約法 や最尤法により分子系統解析を実施することができます。


作業の流れ

検体を当社宛に直接ご送付ください。DNA抽出から同定まで一括で承ります。

検体受領 → 培養・純度確認 → DNA抽出 → PCR増幅 → シーケンス → 配列決定 → 相同性検索 → 系統解析 → 報告

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受託分析の概要

細菌

16S rDNAの上流側約500 bpまたはほぼ全長(1,400~1,500 bp)を解析します。約500 bpの解析は簡易的な同定に有効です。 全長解析は学会発表や特許取得など研究目的にお薦めです。

カビ

28S rDNA-D1/D2領域(500~600 bp)またはITS領域(500~600 bp)を解析します。カビではITSのデータベースが充実しており帰属種・近縁種の同定に有効です。

酵母

26S rDNA-D1/D2領域(500~600 bp)またはITS領域(500~600 bp)を解析します。酵母では26S rD1/D2のデータベースが充実しており帰属種・近縁種の同定に有効です。

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受入可能な検体

平板培養物

当社で培養確認を行うか、指定コロニーから直接DNAを抽出するか選択が可能です。

液体培養物、スラント(斜面培養物)、アンプル・グリセロールストック

当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示下さい。

DNA抽出物

濃度:30 ng/µL 以上、量:50 µL 以上 PCR増幅の確認済のものをご送付ください。

PCR産物

濃度:100 ng/µL 以上、量: 20 µL 以上、電気泳動像のご提供をお願いします。

シーケンス生データ(ab1ファイル)、塩基配列テキストファイル(fastaファイルなど)

オプションの簡易分子系統解析、分子系統解析のみのご依頼となります。


納品内容(BLAST)

シーケンスした塩基配列および相同性検索結果のみを報告するコースです。塩基配列のみ取得したいという場合に便利です。

対応試験名

16S rDNA-500 (BLAST) /16S rDNA-Full (BLAST) /カビ28S rDNA-D1/D2 (BLAST) /カビITS rDNA (BLAST) /
酵母26S rDNA-D1/D2 (BLAST)/酵母ITS rDNA (BLAST)

納品内容

・国際塩基配列データベース照合結果の上位30位
・DNA 塩基配列データおよびシーケンス波形データ


納品内容(考察無し)

相同性検索及び分子系統解析まで実施のうえ、報告書内に同定結果まで報告するサービスです。近縁種との相同率や分子系統樹についての考察文は明記されません。検体の帰属分類群が知りたいという場合に便利なサービスです。

対応試験名

16S rDNA-500/16S rDNA-Full/カビ28S rDNA-D1/D2/カビITS rDNA/酵母26S rDNA-D1/D2/酵母ITS rDNA

納品内容

・国際塩基配列データベース照合結果の上位30位
・当社微生物同定データベース 照合結果の上位30位
・系統樹
・同定結果+帰属種・近縁種のバイオセーフティレベル
・DNA 塩基配列データおよびシーケンス波形データ


納品内容(考察付)

相同性検索及び分子系統解析まで実施のうえ、報告書内に同定結果および近縁種との相同率や分子系統樹についての考察を明記するサービスです。検体の帰属分類群だけではなく、近縁菌群との分子系統学的な考察も知りたい場合に便利なサービスです。

対応試験名

16S rDNA-500(考察付)/16S rDNA-Full(考察付)/カビ28S rDNA-D1/カビD2(考察付)/酵母ITS rDNA(考察付)/酵母26S rDNA-D1/D2(考察付)/ITS rDNA(考察付)

納品内容

・国際塩基配列データベース照合結果の上位30位
・当社微生物同定データベース照合結果の上位30位
・系統樹
・考察文章(同定に至った経緯の文章説明)+同定結果+帰属種・近縁種のバイオセーフティレベル
・DNA 塩基配列データおよびシーケンス波形データ




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参考資料

DNA塩基配列解析による微生物の迅速同定

参考資料

ISO17025に対応したDNA塩基配列解析による微生物同定

参考資料

アカデミック割引および関連サービスの用途

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