糞便、唾液、皮膚表面、土壌、環境水など、多様な微生物が混在する検体中の微生物群集構造を解析します。


検体から直接抽出した混合DNAについてバーコード配列を付加したプライマーによりPCR増幅~シーケンス解析し、数万~数十万の配列を得ます。多様な微生物が混在する検体中の微生物群集構造を網羅的に解析します。

受入可能な検体(生体関連)
ヒト、マウス、ラット、ブタ、ウシなどの動物糞便、腸管内容物、腸管内容物、ニワトリなどの家禽糞便、腸管内容物、イヌ、ネコなどのペット糞便、魚類、昆虫などの糞便、腸管内容物

受入可能な検体(環境関連)
発酵食品などの食品試料、活性汚泥試料、一般土壌、火山灰などの土壌系試料、堆肥、コンポスト、培養液などの発酵試料、海水、湖沼水などの水系試料

作業の流れ
検体受取→DNA抽出/精製→PCR増幅→PCR産物の定量→シーケンス配列決定→プライマー配列の除去→ペアエンド配列・アッセンブル→フィルタリング・キメラチェック→データ解析→報告

仕様(細菌・アーキア)
解析領域:16S rDNA V3~V4領域、リード長:細菌約430 bp/アーキア約380 bp、データベース:RDP、当社「微生物同定データベース」

仕様(菌類)
解析領域:ITS2、リード長:約350 bp、データベース:RDP


主なポイント


  • 様々な動物種の糞便、ヒト口腔内、皮膚検体、土壌、環境水、培養液、発酵食品など幅広い検体に対応
  • 細菌とアーキアを一括で解析できるプライマーセットで解析 (メタン産生アーキアの検出も可能)
  • DNA抽出からデータ解析までを一式としたセット価格で提供(1検体から申し込み可能)
  • 細菌叢と菌類叢に対応(解析対象はDNA、細菌・アーキアについてはRNA解析も可能)
  • 取得リード数は1万リード以上/検体
  • DNA抽出からデータ解析まで全て当社内で作業、解析
  • 細菌・アーキア16S rDNAについてはRDPおよび「微生物同定データベース」の2種類のデータベースで解析
  • 菌類ITS2についてはRDPで解析
  • 解析機器として次世代シーケンサー MiSeq(Illumina)を使用

技術情報


アンプリコンシーケンス解析の受託サービス

細菌叢や菌類叢など、微生物叢を網羅的に解析する受託サービスです。アンプリコンシーケンス解析は、土壌、環境水などの多様な微生物種が混在する検体中の菌叢を解析する優れた方法のひとつです。生物種が混在する検体から直接抽出した混合DNAについて、検体を識別するためのバーコード配列を付加したプライマーによりPCR増幅~シーケンス解析を行い、一度に数万~数十万の配列を得る手法です。検体ごとに異なるバーコード配列が付加されているため、数十種類の異なる検体由来の混合DNAを一度に解析しても、バーコード配列をもとに得られた塩基配列がどの検体に由来するかを判別することができます。

一度の解析で大量の塩基配列を得ることができることから、検体中に含まれるメジャーな菌群だけではなくマイナーな菌群も検出可能です。多検体、多数の塩基配列解析を行いますので、コストパフォーマンスにも優れています。

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受入可能な検体

受託サービスのご依頼に際しては検体を直接ご送付ください。DNA抽出から解析まで一括で承ります。受け入れ可能な検体は以下の通りです。

生体関連

ヒト、マウス、ラット、ブタ、ウシなどの動物糞便、腸管内容物、腸管内容物、ニワトリなどの家禽糞便、腸管内容物、イヌ、ネコなどのペット糞便、魚類、昆虫などの糞便、腸管内容物

環境関連

発酵食品などの食品試料、活性汚泥試料、一般土壌、火山灰などの土壌系試料、堆肥、コンポスト、培養液などの発酵試料、海水、湖沼水などの水系試料など


作業の流れ

DNA抽出から解析まで一括で承ります。

検体受取→DNA抽出/精製→PCR増幅→PCR産物の定量→シーケンス配列決定→プライマー配列の除去→ペアエンド配列・アッセンブル→フィルタリング・キメラチェック→データ解析→報告


仕様

細菌・アーキア

解析領域:16S rDNA V3~V4領域

リード長:細菌約430 bp/アーキア約380 bp

データベース:RDP、当社「微生物同定データベース」

菌類

解析領域:ITS2

リード長:約350 bp

データベース:RDP


納品物

シーケンスデータ(fastaファイル、fastqファイル)

菌叢解析データ(csvファイル)

各種グラフ(htmlファイル)

メディア(DVD-R)による配送納品のみとなります

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必要検体量

受託サービスのご依頼に際しては以下の検体量を目安にご送付ください。

【生体A区分】

糞便、腸管内容物、 ルーメン液 0.2~0.5 g

【生体B区分】

口腔内容物(唾液、プラーク)、皮膚拭取物など 0.2~1 mL

【環境検体】

食品 10 gまたは 100 mL

活性汚泥、土壌、堆肥、コンポスト 1~5g

環境水 (水道水、濁りの少ない河川水など) 100mL~1000 mL

環境水 (工業廃水、下水など) 50~500 mL

培養液 5~10 mL

【DNA抽出物】

濃度5 ng/µL以上、総量30 µL以上


RNAに関する補足

DNAを解析対象とするアンプリコン解析では全菌 (生菌、死菌を問わず) を対象とします。一方、RNAは生菌において多くなるため、微生物の動的な群集構造を解析することが可能です。RNAを解析対象とする場合には、検体から抽出した核酸中に含まれる混合RNAを逆転写PCR反応 (RT-PCR) し、得られたcDNAを鋳型にPCR増幅を行います。RNAは、非常に不安定で分解し易いため、サンプリング前に当社までお問い合わせ下さい。




資料ダウンロード


参考資料

アンプリコンシーケンス解析紹介

参考資料

糞便採取キット・採取容器

参考資料

皮膚微生物菌叢解析

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