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FFPE Protein Analysis Service

FFPE組織サンプル 深層ショットガンプロテオーム解析 受託サービス

出展者:株式会社バイオシス・テクノロジーズ

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ホルマリン固定パラフィン包埋臨床組織検体からのレーザーマイクロダイセクション及びプロテオーム解析
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FFPE Protein Analysis Service

バイオシスではホルマリン固定包埋組織検体(FFPE tissue specimen)を用いたプロテオーム解析による定性・ 定量解析技術を確立し、各医療機関・研究機関に方法論の提案を行ってきました。

これら技術をもとに各医療機 関や研究機関、製薬企業との提携を通し、技術開発・研究開発における補完・相乗効果の向上を目指します。

医学研究の分野において広く長期にわたり収集された膨大な量のホルマリン固定組織が、未開拓のプロテオー ム情報源として存在しています。疾患の進行や薬物反応・毒性などの詳細な臨床データをもつこれらの組織アー カイブは、診断・治療に有効なタンパク質バイオマーカーの探索・解析に大きな可能性を与えるものです。

バイオシス・テクノロジーズではレーザーマイクロダイセクション(LMD)(ライカ LMD-7)を使用しており、 研究者から依頼を受けたスライド上の固定組織サンプルの疾患部位など特に重要と思われる部位を、顕微鏡下に おいて um 単位で精密にダイセクションして回収し、特殊処理によるサンプル前処理を行って、高分解能 MS によ るショットガンプロテオーム解析を行います。

またはお客様ご自身にて LMD を操作してサンプル回収を行う事も 可能です。

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FFPE Protein Analysis Serviceの特徴








スペクトラルカウント解析によるノンラベル定量解析


データ解析に関して、スペクトラルカウント解析によるノンラベル比較定量(下記論文(1)-(4)参照)をオプシ ョンで承っております。スペクトラルカウントは取得した LC/MS/MS のデータをそのまま使用して半定量解析を 行う手法であり、改めて測定を行う必要がありません。スペクトラルカウントは群間比較による比較定量を行う ので、論文化などオフィシャルに確度の高いデータを取得するためには最小単位として 2 群(1 群あたり 3 サン プル)の合計 6 サンプルが必要となります。ただし目的に応じて、例としてサンプル 1 対 1 の比較の検討などの 調整は可能ですのでお気軽にご相談下さい。 (スペクトラルカウント参考文献)

 

サンプル前処理条件検討


バイオシス・テクノロジーズ社の技術者が、お客様ご提出の FFEP 組織サンプルスライドから LMD によってサ ンプル回収を行い。前処理を経て LC/MS 解析を実施致します。すでにお客様にてサンプル前処理を実施いただい ている場合はそのまま LC/MS にて解析をスタート致します。解析期間は分析サンプル数や測定対象内容によって 異なりますのでお問合せ下さい。

 

LC/MS 試験測定ならびに本測定


サンプル前処理が完了しますと、LC/MS 測定条件最適化を実施します。すべての測定条件が整いましたら、対 象サンプルの測定を実施します。まずはご用意いただいたサンプルの試験測定を行い最終的な測定条件の最適化 を実施します。その後、実サンプルの本測定を行います。
 

データ解析


LC/MSによって取得した生データはMASCOTTM Softwareによるデータ解析を行います。 さらにご要望に応じてノンラベル定量解析(スペクトラルカウント解析)によるデータ解析を行うことも可能です(有償)。 ノンラベル 定量解析(スペクトラルカウント解析)をご希望の場合はサンプル群間の比較解析を行いますので、最小単位として2群、サンプルは群ごとに3サンプル、合計6サンプルが必要になります。 ただし目的に応じて、例としてサンプル1対1の比較をご希望などの調整は可能ですのでお気軽にご相談下さい。 さらに弊社独自のネットワーク解析はオプションで可能です。下記論文を参考の上お問い合わせください。


Protein co-expression networks identified from HOT lesions of ER+HER2-Ki-67high luminal breast carcinomas. Yamada K, Nishimura T, Wakiya M, Satoh E, Fukuda T, Amaya K, Bando Y, Hirano H, Ishikawa T. Sci Rep. 2021 Jan 18;11(1):1705.

A proteogenomic profile of early lung adenocarcinomas by protein co-expression network and genomic alteration analysis. Nishimura T, Nakamura H, Tan KT, Zhuo DW, Fujii K, Koizumi H, Naruki S, Takagi M, Furuya N, Kato Y, Chen SJ, Kato H, Saji H.
Sci Rep. 2020 Aug 12;10(1)

Disease-related cellular protein networks differentially affected under different EGFR mutations in lung adenocarcinoma. Nishimura T, Nakamura H, Yachie A, Hase T, Fujii K, Koizumi H, Naruki S, Takagi M, Matsuoka Y, Furuya N, Kato H, Saji H. Sci Rep. 2020 Jul 2;10(1)

 

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