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MiXCR は、TCR/BCRレパトア解析におけるゴールドスタンダードとされ、ユーザーはサンプルから迅速かつ正確にあらゆるレパートリーを解析することが可能です。
試薬と組み合わせ免疫細胞の反応量を数値化できるため、従来よりも短時間かつ正確に対象となる抗体遺伝子を検出できます。
RNA-Seq・RepSeq・WGS・シングルセルデータ等から、レパートリーデータの抽出に対応しています。
MiLaboratories社製品は3つの製品で構成されています。「MIGEC」でNGS(次世代シーケンサー)から得られたシーケンスデータを読み込み、エラー修正を行います。つぎに「MiXCR」でクロノタイプの抽出を行い、「VDJtools」で結果のビジュアリゼーションや統計解析を行います。それぞれ単独でも利用可能です。
MiXCRは以下の手順に沿って解析を行います。
MiXCRはfastqまたはfasta形式のファイルから、クロノタイプの情報(カウント数・フラクション・V遺伝子・J遺伝子・CDR3領域等)を出力します。
※一部列のみ抜粋
Bolotin D et al. MiXCR: software for comprehensive adaptive immunity profiling. Nature methods 12, no. 5 (2015): 380-381. doi:10.1038/nmeth.3364