MiLaboratories製品ファミリーのレパトア解析フロー

MiLaboratories社製品は3つの製品で構成されています。「MIGEC」でNGS（次世代シーケンサー）から得られたシーケンスデータを読み込み、エラー修正を行います。つぎに「MiXCR」でクロノタイプの抽出を行い、「VDJtools」で結果のビジュアリゼーションや統計解析を行います。それぞれ単独でも利用可能です。

MiLabs_05

 

解析手順

MiXCRは以下の手順に沿って解析を行います。

  1. TCR/BCRの遺伝子配列データをセットします。
  2. シングル、ペアリードにおけるミスマッチ、挿入欠失を効率的に処理しアライメントを行います。
  3. 中間アライメント結果が抽出されます。
  4. 同一配列のものが同一クロノタイプとしてグルーピングされます。
  5. クオリティの低いシーケンスリードはさらなるマッピング用に収集されます。
  6. PCRとシーケンスエラーが修正されます。
  7. 最終的なクロノタイプがタブ区切りのファイルとして抽出されます。
MiXCR-06

 

解析結果

MiXCRはfastqまたはfasta形式のファイルから、クロノタイプの情報（カウント数・フラクション・V遺伝子・J遺伝子・CDR3領域等）を出力します。


※一部列のみ抜粋

MiXCR_output

 

稼働環境

  • OS： Java実行環境が利用可能な Windows、Linux、MAC OS X（いずれのOSもバージョンは問いません）
  • Java Runtime Environment： バージョン 8 以上
  • 空きメモリ： 1 - 16 GB （サンプルのクローン数に依存します）

 

文献情報

Bolotin D et al. MiXCR: software for comprehensive adaptive immunity profiling. Nature methods 12, no. 5 (2015): 380-381. doi:10.1038/nmeth.3364