免疫レパトア解析精度の向上に


MIGECは、分子バーコード技術(MIG)を使用して生成された免疫レパトアシーケンスデータのエラー修正を容易にし、ロバストでエラーのない、高精度な結果を提供するソフトウェアです。

ハイスループットシーケンスによるTCR/BCRレパートリーの詳細なプロファイリング精度は、PCR増幅エラーとNGSシーケンスエラーの蓄積によって損なわれることが課題となっています。

MIGECは独自のホットスポットエラー修正アルゴリズムによって、複雑な免疫レパートリーが持つ本来の多様性を維持しつつ、ほぼ全てのエラー修正を行うことが可能です。


主なポイント


  • 次世代シーケンス(NGS)データのサンプル毎の分類
  • UMI(Unique Molecular Identifier)シーケンスの抽出
  • VDJ領域のマッピング、CDR3領域の抽出、ヒトおよびマウス免疫受容体クロノタイプのアセンブリ
  • CDR3シーケンスのホットスポットエラーの追加フィルタリング
  • CDR3の識別を可能にする生殖系列配列(IMGTに基づく)を持つ種と遺伝子のペアをサポート(*1)
  • 同一の分子識別子でリードをグループ化することにより、コンセンサス配列のアセンブリが可能

技術情報


CDR3識別可能な種の遺伝子ペア 一覧

MIGEC_list


MiLaboratories製品ファミリーのレパトア解析フロー

MiLaboratories社製品は3つの製品で構成されています。「MIGEC」でNGS(次世代シーケンサー)から得られたシーケンスデータを読み込み、エラー修正を行います。つぎに「MiXCR」でクロノタイプの抽出を行い、「VDJtools」で結果のビジュアリゼーションや統計解析を行います。それぞれ単独でも利用可能です。

MiLabs_05-1


MIGECのエラー修正アルゴリズム

MIGECは、cDNA合成の段階で導入されたユニークな分子識別子に依存し、下図の独自のホットスポットエラー修正フローに基づいて、シーケンスデータからほぼすべての実験エラーをフィルタリングします。

MIGEC-02


入力ファイル

MIGECの解析には下記入力ファイルが必要です。

  • FASTQ形式ファイル
  • UMI配列情報が記載されたファイル

※本ソフトは、Illumina社 MiSeq™ および HiSeq™ を使用して配列決定された、ライブラリー向けに設計されています。


稼働環境

  • OS:下記記載の JAVA が動作する Windows、Linux、MAC OS X
  • Java Runtime Environment バージョン 8 以上
  • グラフの出力には R の実行環境を必要とします(v 3.1.0 でテスト済)

* R は MIGEC 及び VDJtools の動作に必要です。


文献情報

Shugay M et al. Towards error-free profiling of immune repertoires. Nature Methods 11, 653-655 (2014) doi: 10.1038/nmeth.2960.

*姉妹製品「MiXCR」、「VDJtools」と連携可能です。



資料ダウンロード


参考資料

MiLaboratories社3製品(MiXCR/MIGEC/VDJtools)カタログ

参考資料

MiLaboratories社3製品(MiXCR/MIGEC/VDJtools)ご説明資料

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