MIGEC 免疫レパトア解析データ用エラー修正ソフトウェア
CDR3識別可能な種の遺伝子ペア 一覧
MiLaboratories製品ファミリーのレパトア解析フロー
MiLaboratories社製品は3つの製品で構成されています。「MIGEC」でNGS（次世代シーケンサー）から得られたシーケンスデータを読み込み、エラー修正を行います。つぎに「MiXCR」でクロノタイプの抽出を行い、「VDJtools」で結果のビジュアリゼーションや統計解析を行います。それぞれ単独でも利用可能です。
MIGECのエラー修正アルゴリズム
MIGECは、cDNA合成の段階で導入されたユニークな分子識別子に依存し、下図の独自のホットスポットエラー修正フローに基づいて、シーケンスデータからほぼすべての実験エラーをフィルタリングします。
入力ファイル
MIGECの解析には下記入力ファイルが必要です。
- FASTQ形式ファイル
- UMI配列情報が記載されたファイル
※本ソフトは、Illumina社 MiSeq™ および HiSeq™ を使用して配列決定された、ライブラリー向けに設計されています。
稼働環境
- OS：下記記載の JAVA が動作する Windows、Linux、MAC OS X
- Java Runtime Environment バージョン 8 以上
- グラフの出力には R の実行環境を必要とします（v 3.1.0 でテスト済）
* R は MIGEC 及び VDJtools の動作に必要です。
文献情報
Shugay M et al. Towards error-free profiling of immune repertoires. Nature Methods 11, 653-655 (2014) doi: 10.1038/nmeth.2960.
＊姉妹製品「MiXCR」、「VDJtools」と連携可能です。
