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In vivo structure and dynamics of the SARS-CoV-2 RNA genome


Posted: 2021-09-29 19:00:00
The dynamics of SARS-CoV-2 RNA structure and their functional relevance are largely unknown. Here we develop a simplified SPLASH assay and comprehensively map the in vivo RNA-RNA interactome of SARS-CoV-2 genome across viral life cycle. We report canonical and alternative structures including 5'-UTR and 3'-UTR, frameshifting element (FSE) pseudoknot and genome cyclization in both cells and virions. We provide direct evidence of interactions between Transcription Regulating Sequences, which facilitate discontinuous transcription. In addition, we reveal alternative short and long distance arches around FSE. More importantly, we find that within virions, while SARS-CoV-2 genome RNA undergoes intensive compaction, genome domains remain stable but with strengthened demarcation of local domains and weakened global cyclization. Taken together, our analysis reveals the structural basis for the regulation of replication, discontinuous transcription and translational frameshifting, the alternative conformations and the maintenance of global genome organization during the whole life cycle of SARS-CoV-2, which we anticipate will help develop better antiviral strategies.

参考サイト PubMed: covid-19



バイオクイックニュース日本語版:COVID-19特集

バイオクイックニュース日本語版
7月 06, 2020 バイオアソシエイツ

MMRワクチンによる自然免疫システムの活性化はCOVID-19の最悪の後遺症への予防策になるとの提言

MMRワクチン(はしか、おたふく風邪、風疹)の投与は、 COVID-19 感染に関連する敗血症性炎症を抑制する予防策として役立つ可能性があると、2020年6月19日にアメリカ微生物学会のmBioジャーナルで発表された。この論文は、「COVID-19感染に関連する敗血症性炎症を抑制する予防策として、無関係の生弱毒化ワクチンが役立つだろうか?(Could an Unrelated Live Attenuated Vaccine Serve As a Preventive Measure to Dampen…

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