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Identification of antiviral phytochemicals as a potential SARS-CoV-2 main protease (M(pro)) inhibitor using docking and molecular dynamics simulations


Posted: 2021-10-14 19:00:00
Novel SARS-CoV-2, an etiological factor of Coronavirus disease 2019 (COVID-19), poses a great challenge to the public health care system. Among other druggable targets of SARS-Cov-2, the main protease (Mpro) is regarded as a prominent enzyme target for drug developments owing to its crucial role in virus replication and transcription. We pursued a computational investigation to identify Mpro inhibitors from a compiled library of natural compounds with proven antiviral activities using a hierarchical workflow of molecular docking, ADMET assessment, dynamic simulations and binding free-energy calculations. Five natural compounds, Withanosides V and VI, Racemosides A and B, and Shatavarin IX, obtained better binding affinity and attained stable interactions with Mpro key pocket residues. These intermolecular key interactions were also retained profoundly in the simulation trajectory of 100 ns time scale indicating tight receptor binding. Free energy calculations prioritized Withanosides V and VI as the top candidates that can act as effective SARS-CoV-2 Mpro inhibitors.

参考サイト PubMed: covid-19


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バイオクイックニュース日本語版:COVID-19特集

バイオクイックニュース日本語版
9月 23, 2020 バイオアソシエイツ

既存薬物のエブセレンがCOVID-19の新しい治療戦略の開発に役立つ可能性

2019年後半に中国の武漢市で初めて出現したSARS-CoV-2ウイルスは、世界中で病気と死を引き起こしている。 既に承認された医薬品の転用を含め、 COVID-19 を治療するための複数のソリューションが検討されてきたが、この研究は非常に有望な治療オプションを指摘している。シカゴ大学のプリツカー分子工学大学院(PME)の研究チームは、最先端のコンピューターシミュレーションを使用して、この世界的なパンデミックの解決策を迅速に追跡できる既存の薬物を特定した。 彼らの発見は、2020年8月14日にScience…

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