【バイオマーケットjp】MIGEC 免疫レパトア解析データ用エラー修正ソフトウェア|インフォコム

MIGEC

免疫レパトア解析データ用エラー修正ソフトウェア

出展者:インフォコム株式会社

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免疫レパトア解析精度の向上に
MIGECのイメージ
MIGEC

MIGECは、分子バーコード技術(MIG)を使用して生成された免疫レパトアシーケンスデータのエラー修正を容易にし、ロバストでエラーのない、高精度な結果を提供するソフトウェアです。

ハイスループットシーケンスによるTCR/BCRレパートリーの詳細なプロファイリング精度は、PCR増幅エラーとNGSシーケンスエラーの蓄積によって損なわれることが課題となっています。

MIGECは独自のホットスポットエラー修正アルゴリズムによって、複雑な免疫レパートリーが持つ本来の多様性を維持しつつ、ほぼ全てのエラー修正を行うことが可能です。

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MIGECの特徴

次世代シーケンス(NGS)データのサンプル毎の分類 UMI(Unique Molecular Identifier)シーケンスの抽出 VDJ領域のマッピング、CDR3領域の抽出、ヒトおよびマウス免疫受容体クロノタイプのアセンブリ CDR3シーケンスのホットスポットエラーの追加フィルタリング CDR3の識別を可能にする生殖系列配列(IMGTに基づく)を持つ種と遺伝子のペアをサポート(*1) 同一の分子識別子でリードをグループ化することにより、コンセンサス配列のアセンブリが可能


 
MiLaboratories製品ファミリーのレパトア解析フロ

MiLaboratories社製品は3つの製品で構成されています。「MIGEC」でNGS(次世代シーケンサー)から得られたシーケンスデータを読み込み、エラー修正を行います。つぎに「MiXCR」でクロノタイプの抽出を行い、「VDJtools」で結果のビジュアリゼーションや統計解析を行います。それぞれ単独でも利用可能です。


 
MIGECのエラー修正アルゴリズム

MIGECは、cDNA合成の段階で導入されたユニークな分子識別子に依存し、下図の独自のホットスポットエラー修正フローに基づいて、シーケンスデータからほぼすべての実験エラーをフィルタリングします。



 
入力ファイル

MIGECの解析には下記入力ファイルが必要です。

・FASTQ形式ファイル
・UMI配列情報が記載されたファイル

※本ソフトは、Illumina社 MiSeq™ および HiSeq™ を使用して配列決定された、ライブラリー向けに設計されています。
 
稼働環境

・OS:下記記載の JAVA が動作する Windows、Linux、MAC OS X
・Java Runtime Environment バージョン 8 以上
・グラフの出力には R の実行環境を必要とします(v 3.1.0 でテスト済)
* R は MIGEC 及び VDJtools の動作に必要です。

 
文献情報

Shugay M et al. Towards error-free profiling of immune repertoires. Nature Methods 11, 653-655 (2014) doi: 10.1038/nmeth.2960.


*姉妹製品「MiXCR」、「VDJtools」と連携可能です。
 

本ページ記載の会社名・製品名等は各社の商標または登録商標です。

MIGEC関連製品

MiXCR

TCR/BCRレパトア解析用のソフトウェア。ユーザーはサンプルから迅速かつ正確にあらゆるレパートリーを解析することが可能です。

VDJtools

VDJtoolsは、レパトアシーケンスデータの事後解析を容易にするために設計されたデータ可視化用のソフトウェアです。

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